Space Pirate Trainer hat ein recht einfaches aber dennoch anspruchsvolles Spielprinzip. Mit 2 Waffen/Schilden ausgerüstet, müsst ihr kleine kugelförmige Gegner vom Himmel holen. Damit dies nicht zu einfach wird, fangen diese an auf euch zu schießen und das aus einem Blickwinkel von ca 180 Grad.
Ihr könnt für jede Hand aussuchen ob ihr eine Waffe oder lieber ein Schild haben möchtet. Um zwischen Waffe und Schild zu wechseln, müsst ihr einfach den entsprechenden Controller kurz über den Kopf zum Rücken halten und schon habt ihr gewechselt.
Die Waffe hat 6 verschiedene Modi. Einzelschuss, Dreierschuss, Dauerfeuer, Laser, Shotgun und Granatenwerfer. Das Schild kann als Schild funktionieren oder als eine Art Laser-Ablenk Waffe. Mit dieser könnt ihr nicht die die Geschosse der Gegner zurück schleudern sondern auch mit eine Art Lasso Drohnen an euch herranziehen bzw. auf den Boden schmettern.
Ihr könnt am Schild vorbei schießen, aber nicht durch dieses hindurch. Zudem ist die Sicht auch sehr eingeschränkt, wenn ihr das Schild direkt vor euer Gesicht haltet. Hier ist also ein bisschen Geschick gefragt ob auch die kleinen kugelförmigen Gegner abzuschießen.
Power Ups gibt es seit dem neusten Update auch. Hier bekommt ihr etwa eine Maschinengewehr, Schild, Zielsuchraketen, schwarzes Loch oder Hilfe von eurem Schiff. Die Power Ups sind also gut überlegt einzusetzen. Sie bleiben auch nach der der Welle am Himmel bestehen und können durch einfaches Abschießen aktiviert werden.
Der Party Modus macht besonders Spaß. Hier könnt ihr euch mit euren Freunden gegenseitig überbieten. Etwa gibt ihr ein Zeitlimit oder eine Gegneranzahl als Limit vor.